Die Aufgaben der Universitätsklinik für Kinder- und Jugendheilkunde werden von den fünf Klinischen Abteilungen übernommen: klinische Abteilung für Allgemeine Pädiatrie, klinische Abteilung für Neonatologie, klinische Abteilung für Pädiatrische Hämato-Onkologie, klinische Abteilung für Pädiatrische Kardiologie und klinische Abteilung für Pädiatrische Pulmonologie und Allergologie.